Entre los proyectos más destacados en los que ha participado están la Biblioteca de la Universidad Autónoma de Nuevo León,  el Hotel Four Seasons en Punta Mita, la Comisión de Derechos Humanos del Distrito Federal, las villas Four Seasons de playa en Punta Mita, la Biblioteca Alí Chumacero en La Ciudadela  y el proyecto del Museo del Galeón Manila Acapulco en Manila, Filipinas, así como diversos planes maestros en la costa mexicana. 

Fuera del país ha realizado proyectos en El Salvador, Estados Unidos de América, Israel, Cuba y  Filipinas.

Es profesor de Diseño Arquitectónico en la Universidad Iberoamericana desde 1983, donde en 2020 le fue otorgada la medalla Ernesto Meneses Morales por 20 años de actividad docente y es asociado de la Fundación de Arquitectura Tapatía Luis Barragán A.C. desde 1996.  Fue presidente de esta organización –encargada de promover y difundir la obra del reconocido arquitecto mexicano de 2004 a 2008. En 2017 participó junto con la Universidad Iberoamericana en las labores de asistencia por el sismo de septiembre en la comundad de Malinalco. Por esta labor fue invitado a participar como consejero en la Fundación Comunitaria Malinalco desde febrero de 2019, organización de la cual es presidente del consejo desde julio de 2020.

Ha participado como conferencista en diferentes universidades del país como la Universidad Iberoamericana, ITESO en Guadalajara, el Instituto Tecnológico de Nuevo Laredo, el Instituto Tecnológico de Chihuahua y la Pontificia Universidad Católica de Ecuador. Su trabajo ha sido publicado en diversas revistas especializadas y ha obtenido reconocimientos  y ganado el primer lugar en diversos concursos en los que ha participado.

A partir de 2007, participa en la dirección del Taller de Diseño Ecológico, grupo que busca el óptimo desempeño sostenible de proyectos de diversas escalas, dentro de un marco de viabilidad financiera y respuesta social responsable. El TDE opera mediante un sistema de despachos en red, basado en las capacidades de sus integrantes y en la diversidad de sus conexiones externas. 

En julio de 2009 José Vigil participó en el Taller de Biomimesis, impartido por el Biomimicry Institute, de Montana, USA; en Tlapacoyan, Veracruz.  En 2014 participó como miembro del jurado para el pabellón de México en la Expo Milán 2015 organizado por ProMéxico y desde 2016 es invitado por el IIT de Chicago como nominator para el Premio Mies Crown para Las Américas.

Desde 2014 participa en el grupo DESARROLLO REGENERATIVO MX, con la asesoría de Regenesis Group, grupo de reflexión sobre el pensamiento sistémico para los procesos de diseño.